Der Orden trägt zunächst in Anlehnung an den hl. Johannes den Täufer den Namen "Johanniter".

Erst infolge der Reformation, der Trennung der Kirche in die zwei großen christlichen Konfessionen, entsteht für den katholischen Zweig des Ordens der Name "Malteser", abgeleitet vom Aufenthaltsort auf der Insel Malta. Der protestantische Zweig behält den Namen "Johanniter".

Ursprünglich handelte es sich um ein weißes Balkenkreuz, das die Kreuzfahrer, die zur Befreiung des Heiligen Landes kamen, auf ihren Kleidern trugen. Die Mitglieder der Brudergemeinschaft des Hl. Johannes trugen es auf ihrer schwarzen Kukulle, die der Ordenstracht der Benediktiner nachgebildet war. Später wurde aus dem Balkenkreuz das Kreuz mit acht Spitzen. Das Kreuz kommt zum ersten Mal in dem Siegel des Ordenshospitals in Jerusalem vor. Gefunden wurde es auch am Zugang zur Helenenkapelle der Grabeskirche in Jerusalem und auf den Münzen der Stadt Amalfi.

Das Ordenskapitel von 1489 sagt über das Kreuz:
"So sollen die Ritter vom Hospital, indem sie mit frommem Eifer sowohl die eine als auch die andere dieser Pflichten erfüllen, auf ihrem Gewande das Kreuz mit acht Spitzen tragen, damit sie eingedenk sind im Herzen, das Kreuz Christi zu tragen, geschmückt mit acht Tugenden, die sie begleiten."

Mit kirchlicher Erlaubnis wurde das Kreuz auch auf die roten Waffenröcke der Ritter übertragen.

Bereits im Jahr 1485 wurden den acht Spitzen des Kreuzes die acht Seligpreisungen der Bergpredigt zugeordnet.